故事发生在东京八丈岛近海，一座将()全球各地警方监控相连接的高()科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲()刑警组织管辖()的范围联()网，来自世界()各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……　　与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井()秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在()德国()遭到琴酒的()杀()害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她()手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！　　此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人()毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰()原哀……